沈阳市第九十九中学位于风光旖旎的南运河畔，占地面积16500平方米，建筑面积共8846平方米。2003年7月被列为沈阳市22所初中改革试点校。一项政策盘活一所学校。2003年沈阳市教育局出台薄弱校改造政策奏响义务教育均衡发展的序曲，同时学校被列为22所改革试点校之一。先进理念引领成功。学校在改革发展过程中坚持“一切为了学生的终身发展和未来幸福奠定坚实的基础”的办学理念。遵循一年夯实基础内涵发展，两年培植亮点全面提升，三年办出特色创建一流的发展策略。在市区的正确领导下，在校领导班子先进理念的指导下，全校教师的教育教学理念，学生的精神面貌发生巨变。一流硬件促进发展。学校被列入22所改革校后，在市区校的大力投入下，完成硬件改造的“三新一亮”工程和“五新一绿”工程，学校铺设塑胶操场，增设多功能教室，重新装修教学楼，实现班班有电脑、大屏幕、实物投影，图书馆管理电子化。三年来市区总计投入600多万元。师资雄厚夯实基础。学校现有教师110人，市区骨干教师学科带头近30人，高级教师34人，研究生学历8人，先后有10余名教师在国家、省、市级公开课竞赛中获奖。教师撰写的论文近500篇先后在全国省市区获奖。三年来，学校通过内强素质外树形象，走内涵发展之路，形成师德高尚、业务精湛、工作高效的教师群体。特色管理屡创辉煌。学校树立以人为本，重在提高学生素质教育的办学理念，提出：一切为了学生的终身发展和未来幸福奠定坚实基础。学校强化学生养成教育，夯实学生做人基础，从行、走、坐、卧入手，纠正学生一切不良习惯，加强意志品质的磨练和理想教育。通过三年的改革，学校教育教学质量大幅度提高，有80多名学生在全国、省、市的数学、英语等竞赛中获奖，在市级以上开展的体育、美术、书法、演讲、舞蹈、音乐、科技、发明等各种比赛中，有400多人次获得各种奖励。学校女足获得市冠军，大课间获市先进单位，学校的音乐剧《不去不行》获市优秀节目奖。 在连续三年的中考中，学校的成绩稳步提高，取得了让家长、社会满意的效果。学校的社会声誉在不断的提高，通过小班化教学和外语分层教学达到学有分层、有选择、无淘汰，学生整体提高的目的。学生的成绩逐年大幅度上升。中考报名率由03年的74%上升到06年的88%，2004年总平均分高于往年30多分，升入重点的人数达130多名；2005年中考三分之一学生升入省级重点高中，三分之二学生升入省级、市级重点高中，5名学生升入省实验、二中；2006年中考二分之一多的学生升入省级重点高中，近90%的学生升入省市级重点高中，总平均分在全市近90所初中排名第二，英语和政治学科全市排名第一。2007年学校升入省市重点高中再次提升一个百分点。学校教学水平在保持强劲发展势头的同时，提出有效教学理念，短时高效提高课堂效率，确保教学成绩可持续发展。学生家长由改革前的怕分到九十九中学到现在改革后的怕分不到九十九中学。
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